包郵基于高通量測(cè)序的基因組分析

作者：王崢峰

出版社：科學(xué)出版社出版時(shí)間：2022-06-01

開本： 16開 頁數(shù)： 152

本類榜單：自然科學(xué)銷量榜

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版權(quán)信息
本書特色
內(nèi)容簡介
目錄
節(jié)選

基于高通量測(cè)序的基因組分析版權(quán)信息

ISBN：9787030721488
條形碼：9787030721488 ; 978-7-03-072148-8
裝幀：一般膠版紙
冊(cè)數(shù)：暫無
重量：暫無
所屬分類：
自然科學(xué)
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生物科學(xué)

基于高通量測(cè)序的基因組分析本書特色

書中沒有復(fù)雜的程序代碼，不需要編程語言基礎(chǔ)，淺顯易懂，具有很強(qiáng)的實(shí)踐操作性

基于高通量測(cè)序的基因組分析內(nèi)容簡介

高通量測(cè)序已成為生物學(xué)研究的重要手段，在生物多樣性、物種種質(zhì)資源開發(fā)利用和生物醫(yī)藥領(lǐng)域都發(fā)揮了很好重要的作用，因此，如何處理和分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)成為生物學(xué)研究的推薦技能之一。本書以高通量測(cè)序數(shù)據(jù)在基因組分析中的運(yùn)用為例，采用分步講解的方式，圖文并茂地介紹了高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的基本格式，利用高通量測(cè)序數(shù)據(jù)開展分析的流程、相關(guān)程序，程序執(zhí)行過程及其分析注意事項(xiàng)。同時(shí)，對(duì)于數(shù)據(jù)分析運(yùn)算中的一些中間結(jié)果，作者提供了自己編寫的程序，以利于獲得*終結(jié)果。書中提供了Linux操作系統(tǒng)安裝方法，并基于Linux語言命令介紹了高通量測(cè)序數(shù)據(jù)處理過程，其中沒有復(fù)雜的程序代碼，不需要編程語言基礎(chǔ)，淺顯易懂，具有很強(qiáng)的實(shí)踐操作性。本書可供基因組學(xué)、生物信息學(xué)、遺傳學(xué)、生態(tài)學(xué)及相關(guān)領(lǐng)域的高校師生和科研人員閱讀參考。

基于高通量測(cè)序的基因組分析目錄

目錄
**章　Linux系統(tǒng)安裝　1
第二章　Linux基本命令　6
第三章　高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的常見格式　12
第四章　基因組組裝　15
**節(jié)　基因組大小估測(cè) 　15
第二節(jié)　基于PacBio HiFi模式測(cè)序數(shù)據(jù)的基因組組裝　21
第三節(jié)　基于PacBio CLR模式測(cè)序數(shù)據(jù)的基因組組裝　27
第四節(jié)　基于Nanopore測(cè)序數(shù)據(jù)的基因組組裝　30
第五節(jié)　去除基因組中的冗余序列　37
第六節(jié)　Hi-C組裝　47
第五章　重復(fù)序列查找　66
第六章　基因預(yù)測(cè)　72
第七章　基因家族擴(kuò)張和收縮　82
第八章　物種歷史動(dòng)態(tài)　100
第九章　群體重測(cè)序個(gè)體的SNP查找　110
第十章　遺傳多樣性參數(shù)計(jì)算　124
第十一章　受選擇作用的SNP位點(diǎn)　129
**節(jié)　PCAdapt分析　129
第二節(jié)　BayPass分析　135
第三節(jié)　合并PCAdapt和BayPass結(jié)果　140
第十二章　遺傳結(jié)構(gòu)分析　144
**節(jié)　PCA分析　144
第二節(jié)　Admixture分析　146

展開全部

基于高通量測(cè)序的基因組分析節(jié)選

**章Linux系統(tǒng)安裝 Linux系統(tǒng)很多，我使用的是Ubuntu　Linux系統(tǒng)，可以從網(wǎng)站下載。這個(gè)Linux系統(tǒng)已經(jīng)提前安裝了多類編譯程序，省去很多煩瑣的安裝過程。登錄到網(wǎng)站界面后，下載其中的“osgeolive-13.0-amd64.iso”文件（圖1），這是Linux單機(jī)版本。如果想安裝虛擬機(jī)版本，可下載“osgeolive-13.0-amd64.vmdk.7z”文件。本書介紹的是單機(jī)版本的安裝。圖1“OSGeoLive-13.0”版本Linux系統(tǒng)下載準(zhǔn)備一個(gè)容量大于8Gb的空U盤，利用Rufus工具把下載的“osgeolive-13.0-amd64.iso”寫入到U盤中，做成U盤啟動(dòng)盤（圖2~圖8）。請(qǐng)注意，這些是在Windows操作系統(tǒng)下完成的。圖2Linux系統(tǒng)安裝圖3利用Rufus程序把Linux系統(tǒng)寫入U(xiǎn)盤—1圖中數(shù)字1、2、3代表選擇或執(zhí)行步驟。如后圖中出現(xiàn)類似數(shù)字，意思相同，不再提示圖4利用Rufus程序把Linux系統(tǒng)寫入U(xiǎn)盤—2 圖5利用Rufus程序把Linux系統(tǒng)寫入U(xiǎn)盤—3 圖6利用Rufus程序把Linux系統(tǒng)寫入U(xiǎn)盤—4 圖7利用Rufus程序把Linux系統(tǒng)寫入U(xiǎn)盤—5 圖8利用Rufus程序把Linux系統(tǒng)寫入U(xiǎn)盤—6 安裝完成后，重新從U盤啟動(dòng)計(jì)算機(jī)。需要注意的是啟動(dòng)U盤時(shí)，不要選擇UEFI模式啟動(dòng)。如圖9所示，我的U盤名字是“AIMass　Storage”（讀者的U盤和我的名字會(huì)不同），在選擇U盤啟動(dòng)時(shí)，不要選擇“UEFI：AIMass　Storage，Partition1”模式，因?yàn)榘惭b過程可能報(bào)錯(cuò)。成功啟動(dòng)后，會(huì)出現(xiàn)對(duì)話框詢問安裝的語言，利用鍵盤的上下左右鍵進(jìn)行選擇，讀者可按照自己的要求選擇語言；之后出現(xiàn)對(duì)話框詢問是否安裝Lubuntu系統(tǒng)，選擇“安裝Lubuntu”；然后出現(xiàn)選擇語言和鍵盤布局的界面；此后出現(xiàn)“更新和其他軟件”對(duì)話框，選擇“正常安裝”、“安裝OSGeoLive時(shí)下載更新”和“為圖形或無線硬件，以及其他媒體格式安裝第三方軟件”；出現(xiàn)“安裝類型”，選擇“清除整個(gè)磁盤并安裝OSGeolive”；*后出現(xiàn)對(duì)話框，點(diǎn)擊“選擇磁盤”，移動(dòng)上下鍵，選擇合適的磁盤進(jìn)行Linux系統(tǒng)的安裝，注意這一安裝過程會(huì)刪除被安裝磁盤內(nèi)的文件，所以務(wù)必選擇正確的磁盤并做好備份。建議買一個(gè)容量大一些的硬盤用于系統(tǒng)安裝。之后按照提示繼續(xù)下面的安裝操作，包括輸入用戶名和密碼，這里不再一一細(xì)述。圖9安裝Linux系統(tǒng)的U盤啟動(dòng) 在本書撰寫期間，OSGeoLive版本更新到了14.0，讀者可以下載該版本進(jìn)行安裝，安裝過程大致和13.0版本相同。步驟如下：首先選擇“中文（簡體）”后回車；出現(xiàn)下一個(gè)界面時(shí)選擇“StartOSGeoLive”，回車；出現(xiàn)OSGeoLive-14.0的操作界面（類似Windows操作界面），選擇里面標(biāo)有“InstallOSGeoLive14.0”的圖標(biāo)；之后出現(xiàn)選擇安裝字體的選項(xiàng)，可選擇中文，然后點(diǎn)擊“下一步”，選擇時(shí)區(qū)，可選擇“Asia”和“Shanghai”等，點(diǎn)擊“下一步”，選擇鍵盤語言，點(diǎn)擊“下一步”，選擇正確的磁盤，再選擇“抹除磁盤”的選項(xiàng)，之后的安裝按照提示進(jìn)行就可以。第二章Linux基本命令 Linux常用命令包括：cd、ls、cat、paste、cut、grep、sort、uniq、sed、head、tail。現(xiàn)以“OSGeoLive-13.0”版本界面為例（圖10），“OSGeoLive-14.0”版本和“OSGeoLive-13.0”版本界面基本一致（圖11）。安裝完成后，就可以啟動(dòng)進(jìn)入Linux界面（圖10），基本和Windows界面一致。打開文件夾界面后（圖12），如果覺得小圖標(biāo)界面不合適，對(duì)于“OSGeoLive-13.0”版本，可依次點(diǎn)擊文件夾界面中的“視圖”、“文件夾查看方式”和“緊縮視圖”；對(duì)于“OSGeoLive-14.0”版本，可依次點(diǎn)擊“查看”、“查看”和“列表視圖”，就可以得到列表視圖。文件夾的*大化、*小化，文件的操作，包括文件復(fù)制、粘貼等和Windows一致，不再贅述。圖10“OSGeoLive-13.0”版本Linux啟動(dòng)后界面

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