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落葉果樹種質資源--理論與實踐(精) 版權信息
- ISBN：9787030674937
- 條形碼：9787030674937 ; 978-7-03-067493-7
- 裝幀：一般膠版紙
- 冊數：暫無
- 重量：暫無
- 所屬分類：>
落葉果樹種質資源--理論與實踐(精) 本書特色
作者是國家技術發明獎二等獎和國家科技進步獎二等獎的獲得者，始終堅持落葉果樹種質資源與遺傳育種這一穩定的研究方向，并取得了豐碩的成果。該書就是作者多年潛心研究的科研成果，實用性強。
落葉果樹種質資源--理論與實踐(精) 內容簡介
本書以蘋果研究成果為主線和主題，對新疆野蘋果和庫爾勒香梨等落葉果樹種質資源進行評價挖掘與創新利用。全書共九章，分為上篇、中篇、下篇。上篇包括**至五章，介紹了資源與性狀發育機理研究的關鍵技術、栽培蘋果起源演化和馴化機理、幾種落葉果樹的遺傳多樣性、蘋果芽變與果實質地品質發育機理、蘋果類黃酮代謝機理；中篇包括第六和第七章，概述了落葉果樹優質高效育種技術體系創建與新品種創制：下篇包括第八和第九章，闡明了落葉果樹新品種配套栽培與貯藏加工技術。 本書內容豐富、案例典型、應用面廣、實用性強，可供從事果樹種質資源與遺傳育種工作的高校教師、科研人員及研究生參考，同時也可作為基層果業科技人員技術培訓的參考資料。
落葉果樹種質資源--理論與實踐(精) 目錄
目錄
序
前言
上篇資源與育種的理論基礎
**章 資源與性狀發育機理研究的關鍵技術 3
**節 生物信息學技術 3
一、落葉果樹常用數據庫 3
二、落葉果樹生物信息學分析常用軟件 4
第二節 基因組測序及重測序技術 5
一、果樹基因組學 6
二、主要落葉果樹基因組重測序相關研究內容和技術 12
三、群體重測序的方法學 16
第三節 分子系統學技術 18
一、分子系統學產生發展的歷史脈絡 18
二、分子系統學常用的研究方法 20
三、分子系統學的應用 22
第四節 核心種質構建技術 22
一、核心種質的概念 22
二、核心種質的構建 22
三、新疆野蘋果核心種質構建的案例解讀 26
第五節 基因功能驗證技術 36
一、基因時空表達分析 37
二、基因過表達技術 37
三、基因沉默及敲除技術 38
四、轉錄調控網絡分析 39
五、蛋白質-蛋白質互作網絡分析 40
第二章 栽培蘋果起源演化和馴化機理 42
**節 栽培蘋果起源演化的研究進展 42
一、栽培蘋果起源的現有觀點 42
二、相關研究進展 43
第二節 蘋果基因組重測序及栽培蘋果馴化機理 45
一、本研究實驗材料構成及特點 45
二、SNP位點的挖掘 49
三、蘋果進化路線圖的完善 50
四、蘋果果實增大的二步進化模型 56
五、其他果實性狀的馴化 60
第三節 關于蘋果基因組學的幾點展望 63
一、蘋果可被看作時間漫長、多種源作物馴化的模型 63
二、高度雜合植物群體重測序的分析策略 64
第三章 幾種落葉果樹的遺傳多樣性 65
**節 新疆野蘋果的遺傳多樣性 65
一、新疆野蘋果及其種群生態學 65
二、新疆野蘋果生存環境受到嚴重威脅 66
三、新疆野蘋果群體遺傳結構分析 70
四、新疆野蘋果表型遺傳多樣性及挖掘利用的潛力 71
第二節 牡丹江野生秋子梨的遺傳多樣性 75
一、野生秋子梨群體遺傳結構 75
二、野生秋子梨表型遺傳多樣性 75
第三節 新疆杏的遺傳多樣性及杏自交親和性的遺傳 76
一、普通杏群體遺傳多樣性及若干生物學性狀的頻度分布 77
二、南疆杏果肉風味物質組成及其遺傳多樣性 78
三、南疆杏杏仁油脂肪酸組分的遺傳多樣性 79
第四節 核果類果樹 S基因型鑒定及杏自交親和性的遺傳 79
一、核果類果樹 S基因型鑒定及遺傳多樣性分析 79
二、杏自交親和性的遺傳 83
第四章 蘋果芽變與果實質地品質發育機理 84
**節 國內外蘋果芽變機理研究進展 84
一、芽變的概念與特點 84
二、蘋果紅色芽變機理的研究進展 85
三、蘋果短枝型芽變的研究進展 87
第二節 蘋果芽變機理 89
一、蘋果紅色芽變機理 89
二、蘋果短枝型芽變機理 118
三、未來的研究方向 121
第三節 國內外蘋果果實質地形成與調控機理 121
一、果實質地特征及其影響因素 121
二、果實質地品質調控機理 122
第四節 幾種蘋果果實質地差異機理的研究 129
一、‘泰山早霞’ 129
二、‘泰山早霞’‘富士’和‘金帥’蘋果ACS1基因型鑒定 138
三、‘喬納金’ 142
四、新疆紅肉蘋果雜交后代株系 144
五、未來研究重點 153
第五章 蘋果類黃酮代謝機理 155
**節 國內外植物類黃酮合成與調控研究進展 155
一、類黃酮生物合成的轉錄調控研究進展 155
二、外界環境因素對類黃酮生物合成的影響 155
第二節 紅肉蘋果愈傷組織誘導及愈傷組織平臺創建 158
一、紅肉蘋果愈傷組織誘導 158
二、利用組織培養法生產蘋果類黃酮 160
第三節 新疆紅肉蘋果雜種后代類黃酮差異的分子機理 161
一、新疆紅肉蘋果雜種后代類黃酮合成分析 161
二、蘋果類黃酮生物合成相關基因挖掘與功能驗證 168
第四節 環境因素對蘋果類黃酮生物合成的調控機理 181
一、光、溫度交互作用對紅肉蘋果愈傷組織花青苷合成的影響 181
二、紫外光與溫度對蘋果花青苷合成的調控機理 183
三、干旱調控蘋果類黃酮合成的機理 189
四、植物激素調控花青苷合成的機理 192
五、糖對蘋果類黃酮生物合成的調控機理 204
六、未來研究重點 207
中篇育種技術與優質品種
第六章 落葉果樹優質高效育種技術體系創建 211
**節 新疆紅肉蘋果與‘紅富士’挖掘利用及高類黃酮蘋果高效育種技術 211
一、果樹雜交育種的連被去雄法 211
二、高類黃酮蘋果優異種質 CSR6R6 212
三、果樹多種源品質育種法 213
四、易著色蘋果品種培育法 214
五、“三選兩早一促”的蘋果育種法 216
六、高類黃酮蘋果新品系的組培快繁法 217
第二節 芽變選種與紅皮蘋果高效育種技術 218
一、研發過程 218
二、技術要點 219
三、技術效果 221
第三節 新疆庫爾勒香梨挖掘利用及梨多種源品質育種技術 222
一、我國優質中早熟梨品種培育成就斐然，但不能有效解決冬春市場
優質梨供應問題 222
二、我國梨產業的高效發展需要優質、耐貯、極晚熟品種的撬動 224
三、新疆庫爾勒香梨優質和耐貯特性的遺傳能力很強 224
四、新疆庫爾勒香梨挖掘利用及優質、耐貯、極晚熟梨多種源育種技術 224
第四節 核果類果樹種質創制及育種技術 225
一、利用遠緣雜交創造核果類果樹新種質的三級放大法 225
二、早熟杏胚培育種技術 227
三、晚熟桃資源挖掘利用及極晚熟優質大桃培育技術 228
四、南疆杏的孟德爾群體及 300余萬畝南疆杏的良種化 229
五、新疆野生櫻桃李資源品種化的遷地種植選育法 229
第七章 落葉果樹新品種創制 231
**節 高類黃酮（紅肉）蘋果新品種 231
一、‘幸紅’ 232
二、‘福紅’ 233
三、‘美紅’ 234
四、‘滿紅’ 235
第二節 蘋果紅色芽變及實生新品種 237
一、‘龍富’ 237
二、‘成紀 1號’ 237
三、‘沂源紅’ 238
四、‘元富紅’ 238
五、‘山農紅’ 239
六、‘泰山早霞’ 239
第三節 梨新品種 240
一、‘山農酥’ 240
二、‘新慈香’ 241
三、‘山農脆’ 241
第四節 核果類果樹新品種 242
一、‘新世紀’ 242
二、‘紅豐’ 243
三、‘極早紅’ 244
四、‘山農凱新 1號’ 244
五、‘山農凱新 2號’ 245
六、‘泰山蜜脆’ 245
七、‘森果佳人’ 246
八、‘森果紅露’ 246
九、‘沂蒙霜紅’ 247
下篇配套栽培與貯藏加工技術
第八章 落葉果樹新品種配套栽培技術 251
**節 蘋果園連作（重茬）障礙研究進展 252
一、連作障礙發生原因 252
二、減輕蘋果連作障礙的措施 255
三、有待進一步研究的問題 257
第二節 蘋果連作障礙形成機理與調控技術 257
一、我國蘋果主產區蘋果連作障礙的形成機理 258
二、防控蘋果連作障礙的多項關鍵技術 271
三、蘋果連作障礙防控技術體系 279
四、未來研究方向 280
第三節 現代寬行高干省力高效栽培模式創建技術 280
一、中國水果產業提質增效面臨的四大共性問題及個性問題 280
二、實施四大工程，推動我國水果產業轉型升級 281
三、整形修剪方式的變革是栽培模式變革的核心 281
四、創建適合我國國情的現代寬行高干省力高效栽培模式 281
五、三位一體的“中國式蘋果寬行高干省力高效”栽培法 282
六、果樹“三芽二度一單軸”快速整形早期豐產栽培法 283
第四節 果園生草地力培肥技術 283
一、果樹種質資源與果園生草的前因后果 283
二、9篇有關果園生草的學術研究論文和科普文章 284
三、果園生草不能在我國有效推廣應用的原因 284
四、中國果樹產業新舊動能轉換的卡脖子問題 285
五、全園自然生草可顯著優化黃河三角洲梨園土壤環境 286
六、生草爭肥問題及我國蘋果園生草的五項原則 286
七、一年生豆科植物長柔毛野豌豆的六大優點 288
八、單一性與多樣性有機結合的果園生草新模式 289
九、現代果園管理新理念 289
第九章 落葉果樹新品種配套貯藏加工技術 292
**節 多效冷凝制冷機組的設計、制冷原理與應用 292
一、多效冷凝制冷機組研制概述 292
二、多效冷凝制冷機組的設計 295
三、多效冷凝制冷機組的制冷原理 298
四、多效冷凝制冷機組的保鮮冷庫應用 300
第二節 高類黃酮蘋果酒加工設備 302
一、國內外相關研究進展 302
二、行程式功能型蘋果破碎打漿器 303
三、功能型蘋果酒的多功能釀酒分餾器 305
四、功能型蘋果酒的多效冷凝烤酒器 309
五、功能型蘋果酒的儲存分餾系統 311
第三節 高類黃酮蘋果酒及其制備方法 316
一、干低、干柔、干高和干烈型高類黃酮蘋果酒釀制方法 316
二、甜低、甜柔、甜高和甜烈型高類黃酮蘋果酒釀制方法 318
三、高類黃酮蘋果酒質量安全及類黃酮組分含量檢測 318
主要參考文獻 320
序
前言
上篇資源與育種的理論基礎
**章 資源與性狀發育機理研究的關鍵技術 3
**節 生物信息學技術 3
一、落葉果樹常用數據庫 3
二、落葉果樹生物信息學分析常用軟件 4
第二節 基因組測序及重測序技術 5
一、果樹基因組學 6
二、主要落葉果樹基因組重測序相關研究內容和技術 12
三、群體重測序的方法學 16
第三節 分子系統學技術 18
一、分子系統學產生發展的歷史脈絡 18
二、分子系統學常用的研究方法 20
三、分子系統學的應用 22
第四節 核心種質構建技術 22
一、核心種質的概念 22
二、核心種質的構建 22
三、新疆野蘋果核心種質構建的案例解讀 26
第五節 基因功能驗證技術 36
一、基因時空表達分析 37
二、基因過表達技術 37
三、基因沉默及敲除技術 38
四、轉錄調控網絡分析 39
五、蛋白質-蛋白質互作網絡分析 40
第二章 栽培蘋果起源演化和馴化機理 42
**節 栽培蘋果起源演化的研究進展 42
一、栽培蘋果起源的現有觀點 42
二、相關研究進展 43
第二節 蘋果基因組重測序及栽培蘋果馴化機理 45
一、本研究實驗材料構成及特點 45
二、SNP位點的挖掘 49
三、蘋果進化路線圖的完善 50
四、蘋果果實增大的二步進化模型 56
五、其他果實性狀的馴化 60
第三節 關于蘋果基因組學的幾點展望 63
一、蘋果可被看作時間漫長、多種源作物馴化的模型 63
二、高度雜合植物群體重測序的分析策略 64
第三章 幾種落葉果樹的遺傳多樣性 65
**節 新疆野蘋果的遺傳多樣性 65
一、新疆野蘋果及其種群生態學 65
二、新疆野蘋果生存環境受到嚴重威脅 66
三、新疆野蘋果群體遺傳結構分析 70
四、新疆野蘋果表型遺傳多樣性及挖掘利用的潛力 71
第二節 牡丹江野生秋子梨的遺傳多樣性 75
一、野生秋子梨群體遺傳結構 75
二、野生秋子梨表型遺傳多樣性 75
第三節 新疆杏的遺傳多樣性及杏自交親和性的遺傳 76
一、普通杏群體遺傳多樣性及若干生物學性狀的頻度分布 77
二、南疆杏果肉風味物質組成及其遺傳多樣性 78
三、南疆杏杏仁油脂肪酸組分的遺傳多樣性 79
第四節 核果類果樹 S基因型鑒定及杏自交親和性的遺傳 79
一、核果類果樹 S基因型鑒定及遺傳多樣性分析 79
二、杏自交親和性的遺傳 83
第四章 蘋果芽變與果實質地品質發育機理 84
**節 國內外蘋果芽變機理研究進展 84
一、芽變的概念與特點 84
二、蘋果紅色芽變機理的研究進展 85
三、蘋果短枝型芽變的研究進展 87
第二節 蘋果芽變機理 89
一、蘋果紅色芽變機理 89
二、蘋果短枝型芽變機理 118
三、未來的研究方向 121
第三節 國內外蘋果果實質地形成與調控機理 121
一、果實質地特征及其影響因素 121
二、果實質地品質調控機理 122
第四節 幾種蘋果果實質地差異機理的研究 129
一、‘泰山早霞’ 129
二、‘泰山早霞’‘富士’和‘金帥’蘋果ACS1基因型鑒定 138
三、‘喬納金’ 142
四、新疆紅肉蘋果雜交后代株系 144
五、未來研究重點 153
第五章 蘋果類黃酮代謝機理 155
**節 國內外植物類黃酮合成與調控研究進展 155
一、類黃酮生物合成的轉錄調控研究進展 155
二、外界環境因素對類黃酮生物合成的影響 155
第二節 紅肉蘋果愈傷組織誘導及愈傷組織平臺創建 158
一、紅肉蘋果愈傷組織誘導 158
二、利用組織培養法生產蘋果類黃酮 160
第三節 新疆紅肉蘋果雜種后代類黃酮差異的分子機理 161
一、新疆紅肉蘋果雜種后代類黃酮合成分析 161
二、蘋果類黃酮生物合成相關基因挖掘與功能驗證 168
第四節 環境因素對蘋果類黃酮生物合成的調控機理 181
一、光、溫度交互作用對紅肉蘋果愈傷組織花青苷合成的影響 181
二、紫外光與溫度對蘋果花青苷合成的調控機理 183
三、干旱調控蘋果類黃酮合成的機理 189
四、植物激素調控花青苷合成的機理 192
五、糖對蘋果類黃酮生物合成的調控機理 204
六、未來研究重點 207
中篇育種技術與優質品種
第六章 落葉果樹優質高效育種技術體系創建 211
**節 新疆紅肉蘋果與‘紅富士’挖掘利用及高類黃酮蘋果高效育種技術 211
一、果樹雜交育種的連被去雄法 211
二、高類黃酮蘋果優異種質 CSR6R6 212
三、果樹多種源品質育種法 213
四、易著色蘋果品種培育法 214
五、“三選兩早一促”的蘋果育種法 216
六、高類黃酮蘋果新品系的組培快繁法 217
第二節 芽變選種與紅皮蘋果高效育種技術 218
一、研發過程 218
二、技術要點 219
三、技術效果 221
第三節 新疆庫爾勒香梨挖掘利用及梨多種源品質育種技術 222
一、我國優質中早熟梨品種培育成就斐然，但不能有效解決冬春市場
優質梨供應問題 222
二、我國梨產業的高效發展需要優質、耐貯、極晚熟品種的撬動 224
三、新疆庫爾勒香梨優質和耐貯特性的遺傳能力很強 224
四、新疆庫爾勒香梨挖掘利用及優質、耐貯、極晚熟梨多種源育種技術 224
第四節 核果類果樹種質創制及育種技術 225
一、利用遠緣雜交創造核果類果樹新種質的三級放大法 225
二、早熟杏胚培育種技術 227
三、晚熟桃資源挖掘利用及極晚熟優質大桃培育技術 228
四、南疆杏的孟德爾群體及 300余萬畝南疆杏的良種化 229
五、新疆野生櫻桃李資源品種化的遷地種植選育法 229
第七章 落葉果樹新品種創制 231
**節 高類黃酮（紅肉）蘋果新品種 231
一、‘幸紅’ 232
二、‘福紅’ 233
三、‘美紅’ 234
四、‘滿紅’ 235
第二節 蘋果紅色芽變及實生新品種 237
一、‘龍富’ 237
二、‘成紀 1號’ 237
三、‘沂源紅’ 238
四、‘元富紅’ 238
五、‘山農紅’ 239
六、‘泰山早霞’ 239
第三節 梨新品種 240
一、‘山農酥’ 240
二、‘新慈香’ 241
三、‘山農脆’ 241
第四節 核果類果樹新品種 242
一、‘新世紀’ 242
二、‘紅豐’ 243
三、‘極早紅’ 244
四、‘山農凱新 1號’ 244
五、‘山農凱新 2號’ 245
六、‘泰山蜜脆’ 245
七、‘森果佳人’ 246
八、‘森果紅露’ 246
九、‘沂蒙霜紅’ 247
下篇配套栽培與貯藏加工技術
第八章 落葉果樹新品種配套栽培技術 251
**節 蘋果園連作（重茬）障礙研究進展 252
一、連作障礙發生原因 252
二、減輕蘋果連作障礙的措施 255
三、有待進一步研究的問題 257
第二節 蘋果連作障礙形成機理與調控技術 257
一、我國蘋果主產區蘋果連作障礙的形成機理 258
二、防控蘋果連作障礙的多項關鍵技術 271
三、蘋果連作障礙防控技術體系 279
四、未來研究方向 280
第三節 現代寬行高干省力高效栽培模式創建技術 280
一、中國水果產業提質增效面臨的四大共性問題及個性問題 280
二、實施四大工程，推動我國水果產業轉型升級 281
三、整形修剪方式的變革是栽培模式變革的核心 281
四、創建適合我國國情的現代寬行高干省力高效栽培模式 281
五、三位一體的“中國式蘋果寬行高干省力高效”栽培法 282
六、果樹“三芽二度一單軸”快速整形早期豐產栽培法 283
第四節 果園生草地力培肥技術 283
一、果樹種質資源與果園生草的前因后果 283
二、9篇有關果園生草的學術研究論文和科普文章 284
三、果園生草不能在我國有效推廣應用的原因 284
四、中國果樹產業新舊動能轉換的卡脖子問題 285
五、全園自然生草可顯著優化黃河三角洲梨園土壤環境 286
六、生草爭肥問題及我國蘋果園生草的五項原則 286
七、一年生豆科植物長柔毛野豌豆的六大優點 288
八、單一性與多樣性有機結合的果園生草新模式 289
九、現代果園管理新理念 289
第九章 落葉果樹新品種配套貯藏加工技術 292
**節 多效冷凝制冷機組的設計、制冷原理與應用 292
一、多效冷凝制冷機組研制概述 292
二、多效冷凝制冷機組的設計 295
三、多效冷凝制冷機組的制冷原理 298
四、多效冷凝制冷機組的保鮮冷庫應用 300
第二節 高類黃酮蘋果酒加工設備 302
一、國內外相關研究進展 302
二、行程式功能型蘋果破碎打漿器 303
三、功能型蘋果酒的多功能釀酒分餾器 305
四、功能型蘋果酒的多效冷凝烤酒器 309
五、功能型蘋果酒的儲存分餾系統 311
第三節 高類黃酮蘋果酒及其制備方法 316
一、干低、干柔、干高和干烈型高類黃酮蘋果酒釀制方法 316
二、甜低、甜柔、甜高和甜烈型高類黃酮蘋果酒釀制方法 318
三、高類黃酮蘋果酒質量安全及類黃酮組分含量檢測 318
主要參考文獻 320
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落葉果樹種質資源--理論與實踐(精) 節選
上篇資源與育種的理論基礎 **章資源與性狀發育機理研究的關鍵技術 **節生物信息學技術 人類基因組測序的工作促進了測序技術的迅猛發展，從而使實驗數據和可利用信息急劇增加。數據的管理和分析成為基因組計劃的一項重要工作，而這些數據信息的管理、分析、解釋和使用，促使了生物信息學的產生和發展。 目前，隨著測序技術和測序手段的提升，測序價格越來越低，生物信息學在落葉果樹中的應用越來越廣泛。據統計，目前已有 20多種落葉果樹完成了全基因組測序，基因組大小從 200多兆堿基對到十幾吉堿基對，完整的基因組為科研工作者提供了大量的數據。 簡單來說，生物信息學由數據庫、軟件、算法及編程語言四部分構成。數據庫（database）：“巧婦難為無米之炊”，要做信息分析，數據庫是數據材料的主要來源。軟件（software）：“工欲善其事，必先利其器”，有了數據，拿什么來分析？軟件。算法（algorithm）：“萬丈高樓平地起”，生物信息學中的數據庫和軟件都是基于一定的算法來架構的。編程語言（programming language）：“磨刀不誤砍柴工”，學點編程語言對生物信息分析來說是如虎添翼，有了這些計算機語言的支撐，生物信息學才算是完整的。 本節主要講述落葉果樹常用數據庫、落葉果樹生物信息學分析常用軟件等。數據庫是數據材料的主要來源，本節涉及的數據庫有薔薇科基因組數據庫、蘋果基因組數據庫、梨基因組數據庫、獼猴桃基因組數據庫、櫻桃基因組數據庫及聯合基因組研究中心數據庫等常用數據庫。軟件是生物信息學分析的工具，本節主要介紹 BLAST、Jbrowse、Primer3、Clustal、MEGA等常用軟件。 一、落葉果樹常用數據庫 1. 薔薇科基因組數據庫 網址： 簡介：薔薇科基因組數據庫長期為薔薇科物種提供數據存儲以及數據挖掘的資源信息。其中包括新基因的添加、遺傳育種數據的收集和新軟件功能的添加（Jung et al.，2014）。 2. 蘋果基因組數據庫 網址： 簡介：蘋果基因組數據庫使用‘金冠’蘋果對其單倍體加倍進行測序，并通過新的映射技術（mapping technology）和組裝技術完成蘋果基因組測序。該數據庫提供昀新的蘋果基因組及其注釋信息，以及其他的測序數據，為蘋果遺傳育種提供理論基礎（Daccord et al.，2017）。 3. 梨基因組數據庫 網址： 簡介：梨基因組數據庫提供了梨的基因組、大量分子標記和遺傳圖譜，為梨遺傳育種提供了大量的數據（Wu et al.，2013）。 4. 獼猴桃基因組數據庫 網址： 簡介：獼猴桃基因組數據庫整合了來自獼猴桃屬 3個獼猴桃物種4個基因組版本的基因組數據，并開發了生物信息流程對基因進行了詳盡的功能注釋，整合了數十個獼猴桃物種的轉錄組等多組學數據，將有效促進廣大科研工作者對獼猴桃現有組學數據資源的利用，輔助獼猴桃的分子育種和品種改良（Yue et al.，2020）。 5. 櫻桃基因組數據庫 網址： 簡介：櫻桃基因組數據庫整合了甜櫻桃的基因組及其注釋信息，單核苷酸多態性（single nucleotide polymorphism，SNP）、簡單重復序列（simple sequence repeat，SSR）及插入/缺失（ insertion/deletion，InDel）等分子標記，遺傳圖譜等相關資料，為甜櫻桃遺傳育種奠定了理論基礎（Shirasawa et al.，2017）。 6. 聯合基因組研究中心數據庫 網址： 簡介：聯合基因組研究中心數據庫整合了大量植物的基因組及其注釋信息，包括多種落葉果樹的基因組信息（Goodstein et al.，2012）。 此外，本課題組整理了截至目前已完成的落葉果樹基因組信息。通過這些信息可以發現，隨著測序技術的提升，落葉果樹主要物種測序完成后，一些小眾物種的測序也被提上日程，這些信息的釋放將為落葉果樹的深入研究提供**手的基因組數據信息。 二、落葉果樹生物信息學分析常用軟件 1. BLAST 網址： 簡介：BLAST（basic local alignment search tool）是一套在蛋白質數據庫或 DNA數據庫中進行相似性比較的分析工具。 BLAST程序能迅速與公開數據庫進行相似性序列比較。BLAST結果中的得分是一種對相似性的統計說明。 BLAST采用一種局部的算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。BLAST對一條或多條序列（可以是任何形式的序列）在一個或多個核酸或蛋白質數據庫中進行比對。BLAST還能發現具有缺口的能比對上的序列。 2. Jbrowse 網址： 簡介：Jbrowse是一種基因組瀏覽器，它是基于 HTML5 JavaScript等前端技術通過AJAX界面來實現的，這樣大部分的工作都能通過用戶的瀏覽器來完成，可以降低對服務器的性能要求，從而實現快速訪問瀏覽基因組數據。 該基因組瀏覽器具有如下特點。 1）快速、平滑地滾動和縮放，能較快地瀏覽上傳的基因組數據。 2）能夠很容易地縮放若干吉和深覆蓋度測序數據。 3）支持多種基因組學常用格式（如 gff3、BED、FASTA、Wiggle、BigWig、BAM、VCF等格式）。 4）對服務器的配置要求低，實際上 Jbrowse除了一些轉換格式的工具如轉換成 http文本等，并沒有多少后臺服務器代碼。 3. Primer3 網址： 簡介：在線引物設計程序。 4. Clustal 網址： 簡介：Clustal是一種單機版的基于漸進比對的多序列比對工具，由 D. G.希金斯（D. G. Higgins）等開發。 Clustal先將多個序列兩兩比對構建距離矩陣，反映序列之間兩兩關系；然后根據距離矩陣計算產生系統進化指導樹，對關系密切的序列進行加權；昀后從昀緊密的兩條序列開始，逐步引入鄰近的序列并不斷重新比對，直到所有序列都被加入為止。 5. MEGA 網址： 簡介：MEGA的全稱是molecular evolutionary genetics analysis（分子進化遺傳分析），可用于序列比對、進化樹的推斷、估計分子進化速度、驗證進化假說等。 MEGA還可以通過數據庫NCBI進行序列的比對和數據的搜索。 第二節基因組測序及重測序技術 本節簡單介紹了果樹基因組學的范疇與技術手段，對近年來主要落葉果樹的基因組學特別是基因組組裝進行了介紹；對近年來主要果樹重測序的研究進展進行了介紹，特別是對重測序的全基因組策略與簡化基因組策略、SNP檢測方法、基因組核苷酸多態性、選擇性清除分析、連鎖不平衡與全基因組關聯分析、栽培作物的馴化機理研究及群體重測序的方法學進行了詳細闡述。 一、果樹基因組學 基因組學是生物學、醫學及農學領域發展昀為迅速的一門新興學科。當前，大多數作物基因組測序已經完成。測序成本日益降低，育種家很容易獲得海量的分子標記信息，以便深入了解作物如何適應過去的環境，并繼續對其加以重塑或遺傳改造，滿足未來農業的發展需要（McCouch et al.，2013）。作物科學即將進入基因組學或后基因組學時代（賈繼增等，2015），借鑒基因組學在作物育種上已經取得的成績，可以預見基因組學將在果樹科學以下4個方面取得重要進展：①加速果樹種質資源核心種質構建、重要果樹農藝性狀基因的克隆，以及野生種質資源的開發與利用；②促進果樹育種理論與育種方法的重大突破，推動果樹育種基因組學的形成；③推動環境條件與栽培措施基因表達調控的機理研究，發現一批受環境因素調控的基因，促進果樹栽培學研究向基因組學方向發展；④迅速提高特色果樹的研究水平，減小果樹間研究差距，基因組學發展將引領果樹科學新的發展契機。
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